První písemná zmínka o Podomí pochází z roku 1349 v souvislosti s holštejnským panstvím. Vesnice je uváděna pod jménem Boda, ale již roku 1371 se objevuje pod názvem Podom. Jeden z majitelů panství, Vok IV. z Holštejna, se v době husitské revoluce přiklonil ke katolické straně Zikmunda Lucemburského a jako celá řada dalších významných moravských šlechticů zahynul v bitvě pod Vyšehradem 1. listopadu 1420. Dědictví se ujal jeho syn Vok V., který však nebyl dobrý hospodář a majetek postupně rozprodal. Podomí patrně po hustiských válkách zpustlo a během rozpadu holštejnkého panství bylo roku 1464 rozděleno na dvě poloviny:západní část připadla k panství kotvrdovickému a nebyla již nikdy obnovena, východní část zůstala u zbytkového holštejnského panství a byla kolem poloviny 16. století opět osídlena.
V průběhu třicetileté války a po ní došlo k silnému poněmčení obyvatel Podomí příchodem německých osadníků z jiných panství.V roce 1656 byly v obci obydleny jen tři usedlosti, roku 1672 sedm usedlostí, roku 1718 pak opět jen šest usedlostí. Roku 1750 žili v Podomí tři čtvrtláníci a tři chalupníci. V roce 1869 bylo v Podomí již 67 domů, ve kterých žilo celkem 501 obyvatel, v roce 1930 pak 111 domů a 548 obyvatel.
V obci působila z Holandska pocházející rodina van den Bruchů. V první polovině 19. století založil Jacob Leonard van den Bruch tkalcovskou továrnu a přádelnu, ve kterých našel zaměstnání velký počet místních obyvatel. Rodinný podnik však posléze začal upadat, a v samém závěru 19. století zcela zbankrotoval.Karel van den Bruch, který v letech 1926 - 1949 působil jako ředitel školy ve Vážanech nad Litavou, byl významný regionální učitel, propagátor moderního přístupu ke školství a důrazný zastánce myšlenek T. G. Masaryka. V roce 1945 byla vybudována újezdní měšťanská škola pro děti z Podomí, Krásenska, Senetářova a Ruprechtova (v roce 1950 se přestěhovala do nově postavené budovy), mateřská škola byla otevřena roku 1950.
V letech 1869 - 1880 působil v obci Živnostenský spolek, Sbor dobrovolných hasičů byl založen roku 1888 z popudu Karla van den Brucha, v letech 1898 - 1909 vyvíjel činnost čtenářský spolek Palacký, místní odbor Národní jednoty vznikl roku 1909.Velkou tradici mělo amatérské divadlo, které se v obci pravidelně hrálo od počátku 20. století. V roce 1917 byla v obci zřízena malá továrna F. Šenka na zpracování železa, důležité místo v obživě místních obyvatel zastávalo i domácí tkalcovství a výroba perleťových knofliků. V roce 1944 měla být obec vystěhována, aby uvolnila místo německé střelnici, vývoj na frontě a rychlý postup sovětské armády však uskutečnění tohoto plánu již zabránil.