První písemná zmínka o Nemojanech pochází z roku 1141. V soupisu církevního majetku, který je uveden v listině olomouckého biskupa Jindřicha Zdíka, je ve výčtu statků olomouckého kostela zaznamenáno i zboží v Nemojanech.Další písemná zpráva o obci je až z počátku 14. století, kdy jsou Nemojany uváděny jako biskupské léno. Později se však stávají sovodným statkem rozděleným na sva díly. Majetkové poměry v obci byly složité: roku 1371 prodal Bohuš ze Starče popluží, krčmu, chalupu a lesy v okolí Henzlínovi, synovi Spiloty. Tuto část později držel Vok z Holštejna, který roku 1392 prodal devět lánů a mlýn vyškovskému měšťanu Bohušovi a Bedřichovi z Lulče. Druhý díl obce náležel Petrovi z Habrovan, který ho však roku 1374 prodal Ondřeji Kyjovi z Hartmanic, a ten pak roku 1381 postoupil celý majetek Lickovi z Lulče. Celou obec pak od svých příbuzných získal Bedřich Motyčka z Lulče. Po jeho smrti připadly Nemojanys dvorem a mlýništěm Archlebovi z Víckova, který roku 1447 vše prodal Janovi z Všechovic. Roku 1523 intabulovali - tj. nechali zapsat do zemských desek - Jindřich z Lichtenburka a Jan Čeloud z Pálovic Luleč s pustým hradem, Nemojany a díl Tučap Janu Plzákovi staršímu ze Zdenína se Nemojany stávají součastí habrovanského panství. V roce 1869 tvořilo obec celkem 66 domů, ve kterých žilo 453 obyvatel. V roce 1930 stoupl počet domů na 137, počet obyvatel na 625. Silnou pozici měli v Nemojanech národní socialisté a republikáni, kteří ovládli volby v roce 1935.
V obci působila celá řada spolků. Již roku 1882 byl založen čtenářský spolek, hasičský sbor působil v obci od roku 1899, Sokol od roku 1906, místní odbor Národní jednoty byl založen roku 1911, Domovina roku 1924. V roce 1876 byly Nemojany vyškoleny z Lulče a vlastní škola byla postupně rozšířena až na trojtřídní.Od roku 1945 fungovala v obci i mateřská školka.
Z Nemojan pocházel významný rod Adamců. Msgr. Antonín Adamec(1853 - 1913) římskokatolický kněz, zastával řadu funkcí v církevní hierarchii, byl rovněž literárně činný. Jeho bratr Ing. Jan Nepomuk (1855 - 1925) patřil mezi průkopníky zemědělského odborného školství, Msgr. František Adamec (1866 - 1946), rovněž katolický kněz, byl včelařský odborník evropského významu, organizátor včelařství na Moravě a také odborný spisovatel.